【トライオートETF】ポジションの一部だけを決済することはできますか?

はい。建玉の一部(例えば、10万通貨の建玉のうち1万通貨)を決済することが可能です。
自動売買注文の場合は、注文照会より発注中の決済注文を取消した後、トレード画面>「建玉照会」>「決済」ボタンより決済数量を変更いただけます。