【トライオートETF】ポジションの一部だけを決済することはできますか？

はい。建玉の一部（例えば、10万通貨の建玉のうち1万通貨）を決済することが可能です。
自動売買注文の場合は、注文照会より発注中の決済注文を取消した後、トレード画面＞「建玉照会」＞「決済」ボタンより決済数量を変更いただけます。